アカツキゲームスでは、ゲームのタイトルごとにプロジェクトという形で1つのチームになっており、 そのプロジェクトにゲームプランナー、エンジニア、デザイナー、QAなどの職種のメンバーが所属しています。 そして各プロジェクトに対し横軸で職種ごとに「職能組織」が存在しており、職種ごとに特化した採用や制度設計などを担当しています。 発展のスピードが凄まじいゲーム業界の中で、このようにマトリクス型組織にして各職能の中で専門性を研ぎ澄ましプロジェクトに還元することで、ユーザーへクオリティの高いゲーム体験を提供しています。
CTOとEngineering Office、Team Leaderと各エンジニアがいます。ただし、アカツキゲームスでは役職は役割であるという考え方を大切にしており、ピラミッド構造でなくフラットな組織としています。